萨迦派因该派主寺北寺坐落于萨迦奔波山一片灰白色岩土中，灰白岩土，藏语意为“萨迦”，故主寺叫“萨迦寺”，教派也叫“萨迦派”。
昆·衮却杰波创立以道果论为法要的教派，并于藏历第一饶迥水牛年公元1073年，正式修建萨迦寺。后经贡嘎宁波、索南孜摩、扎巴坚赞、贡噶坚赞、八思巴五代祖师的弘扬，兼有僧俗两系传承。至藏历第四饶迥年萨班、八思巴叔侄与元朝皇帝结法缘，西藏地方纳入元代中央政府行政统辖，萨迦法王因以统治全藏并摄理全国佛教事务。
1247年，萨迦班智达贡噶坚赞在凉州与蒙古王子阔端议定西藏归顺事宜，其侄子八思巴被元世祖忽必烈先后封为国师、帝师，总制院领事，主管全国佛教事务和藏区事务。
百余年间秉承旨，萨迦法王兴作法事，颁布政令，本钦执行政令。传承萨迦派教法的人很多，密教方面最具名望的有俄、宗二师，即俄钦贡嘎桑布和宗巴·贡嘎朗杰。以后的密教学人被称为俄派，显教学人被称为宗派者多。显教方面最著名的是雅、绒（雅楚佛祥和绒敦）二师。他们撰写的显教著述甚多，通达五明，弟子甚众。
元之后，萨迦派内部不睦，分成四个拉章，教法破败，后渐自复兴，衍传至今，该派修持精要为《道果法》。萨迦派不仅在西藏，而且在内地诸地，甚至外蒙古也较为盛行。
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