关于活佛的转世制度，发端于十二世纪初，公元1193年，藏传佛教噶玛噶举派的创始人都松钦巴（意指圣如时，三时即过去、现在和将来）大师，临终时口嘱他将特比后人遵循大师遗言寻找并认定转世灵童，从而开了商能佛教活佛转世之先河。此后，活佛转世这一新生的宗教制度相续被藏传佛教各宗派所普遍采纳，并在长期的发展过程中，逐步形成了对于活佛转世灵童的寻找、认定、教育等一整套严格而系统的制度。使活佛世系像雨后春笋般地在青藏高原出现。据估计，目前整个藏传佛教活佛的总数可达近万人。
萨迦派
采用的基本上是以昆氏家族为基础的家族内部传承方式。如“萨迦五祖”中的初祖贡噶宁波是该派创始人衮却杰波的儿子，二祖索南孜摩、三祖扎巴坚赞，都是贡噶宁波的儿子，四祖萨迦班智达·贡噶坚赞是扎巴坚赞的侄子，五祖八思巴·洛追坚赞则是萨迦班智达的侄子。
噶举派
虽然支派很多，但大多采用师徒传承的方式。藏传佛教其他的一些小教派，如希解、觉宇、觉囊等等，也都采用师徒传承的方式。随着藏传佛教教派间争斗的加剧和教派内部一师多徒争袭上师法位的矛盾加深，为了保证教派的稳定和领导权的和平传递，传统的师承方法和世俗社会的世袭制度都有一定局限性，于是出现了藏传佛教最有特色的活佛转世制度。
活佛转世制度最初于13世纪由噶玛噶举派创立，16世纪中叶为后期兴起的格鲁派采用，17世纪中以后就成为藏传佛教各教派普遍采用的主要传承方式。概括说起来，活佛转世的形成有两个必要的因素：一是佛教的三身学说和三世道理论，一个是13世纪藏族社会的特殊背景。
活佛转世制度可以说是藏传佛教的一个创举。在这里，活佛的传承既不是通过家族式的继承，也不是通过现代意义上的选举，而是通过“转世”这一宗教化的手段完成的。这种传承方式把佛教的基本教义、仪轨和藏族宗教上层错综复杂的政治因素、宗教因素协调起来，巧妙地解决了宗教首领的地位和政治、经济权力的传承和延续问题。因此活佛转世从一开始出现，就和政治有着不解之缘。
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